eDNA bemonsteringen

Waterbemonsteren

Datura biedt twee verschillende methodes aan waarmee eDNA water samples verzameld kunnen worden. Beide type bemonsteringen kunnen door uzelf uitgevoerd worden.

De eDNA filtratie kit wordt gebruikt om (zeer) gevoelig te kunnen detecteren. Met de eDNA filtratie kit kan eDNA van vrijwel alle dieren worden verzameld zo ook het eDNA van zoogdieren en ongewervelden. Ook is deze kit geschikt voor het bemonsteren van eDNA van vissen en amfibieën in grote watervolumes als meren en rivieren.

De eDNA capsule kit wordt voornamelijk gebruikt voor het detecteren van macrofauna en ongewervelden. Daarnaast is deze methode ook zeer geschikt voor het bemonsteren van grote stromende wateren omdat er een grote volume gefilterd kan worden.

eDNA filtratie kit

Er worden minimaal 28 subsamples verzameld langs een traject van 50-200 meter of rondom een te bemonsteren waterlichaam. Deze subsamples worden verzameld in een steriele samplingzak. Het verzamelde water in deze samplingszak wordt vervolgens in een filterhouder gegoten. Vervolgens wordt het filter overgebracht in een conserverende buffer. Hierin blijft het eDNA goed, totdat het sample in het laboratorium geanalyseerd wordt.

eDNA capsule filters

Bij stilstaande wateren worden minimaal 15 subsamples verzameld in het te bemonsteren waterlichaam over een traject van 50 – 200 meter. Het verzamelde water wordt vervolgens met een slangenpomp door een filtercapsule gehaald. Als het water gefilterd is wordt er een conserveringsbuffer in het filter gespoten. In deze buffer blijft het eDNA goed, totdat het sample in het laboratorium geanalyseerd wordt. Voor deze methode zijn een maatbeker van 1 liter en een steriele emmer van minimaal 20 liter nodig.

Bij stromende water wordt een slang in het stromende deel van het water gehangen en wordt direct het water door de filtercapsule gehaald. Als het water gefilterd is wordt er een conserveringsbuffer in het filter gespoten. In deze buffer blijft het eDNA goed, totdat het sample in het laboratorium geanalyseerd wordt. Voor deze methode is een emmer van minimaal 20 liter nodig.

Overzicht

Bodem bemonsteren

Bodem van de oever

Naast eDNA in watersamples kan eDNA ook gevonden worden in bodemsamples. Uit een veldstudie is zelfs gebleken dat de detectiekans van waterspitsmuis met een bodem sample hoger is dan de detectiekans in een watersample. Naast waterspitsmuis kan ook noordse woelmuis aangetoond worden met een bodemsample. Ondertussen is Datura bezig met een assay voor het aantonen van ringslang in een bodemsample.

Bodem van bijvoorbeeld weilanden

Naast het bemonsteren van vochtige bodem is het ook mogelijk om droge bodem te bemonsteren. Deze analyses zijn niet geschikt voor de soort-specifieke analyses maar wel voor metabarcoding -voedselweb analyses.

Sample kits

Datura levert sample kits waarmee eDNA monsters verzameld kunnen worden daarnaast heeft Datura samplingprotocollen opgesteld. In de praktijk is gebleken dat, als deze samplingprotocollen gevolgd worden, er geen contaminatie optreed en het eDNA goed geconserveerd wordt voor latere analyse.

Voor de filtratiemethode hebben wij vacuümpompen te huur en te koop. Deze pompen hebben een accu waardoor ze mee het veld in kunnen om de watermonsters op locatie te filteren. Hierdoor wordt de kans op afbraak van eDNA en contaminatie nog kleiner.

Voor de capsule methode hebben wij een slangenpomp te huur. Ook 20 liter emmers kunnen wij onder enkele voorwaarden leveren. Vraag naar de mogelijkheden voor uw project.