eDNA bemonsteringen

Waterbemonsteren

Datura biedt twee verschillende methodes aan waarmee eDNA water samples verzameld kunnen worden. Beide type bemonsteringen kunnen door uzelf uitgevoerd worden.

De eDNA filtratie kit wordt gebruikt om (zeer) gevoelig te kunnen detecteren. Met de eDNA filtratie kit kan eDNA van vrijwel alle dieren worden verzameld zo ook het eDNA van zoogdieren en ongewervelden. Ook is deze kit zeer geschikt voor het bemonsteren van eDNA van vissen en amfibieën in grote watervolumes als meren en rivieren.

Met de alternatieve kit kan eDNA van vissen en amfibieën verzameld worden, mits de dichtheid van de doelsoort niet te laag is ten opzichte van het watervolume. Deze kit is niet geschikt voor onze metabarcodinganalyses.

eDNA filtratie kit voor hoge gevoeligheid (aanbevolen)

Er worden minimaal 28 subsamples verzameld langs een traject van 50-200 meter of rondom een te bemonsteren waterlichaam. Deze subsamples worden verzameld in een steriele samplingzak. Het verzamelde water in deze samplingszak wordt vervolgens in een filterhouder gegoten. Vervolgens wordt het filter overgebracht in een conserverende buffer. Hierin blijft het eDNA goed, totdat het sample in het laboratorium geanalyseerd wordt. Met deze methode kan een groot volume water geanalyseerd worden op de aanwezigheid van eDNA waardoor een zeer gevoelige detectie mogelijk is.

eDNA alternatieve kit

Er worden 20 subsamples verzameld over een traject van 50-100 meter of rondom een te bemonsteren waterlichaam. Deze 20 subsamples worden gemengd in een steriele samplingzak. Vanuit deze samplingzak wordt een sample van 90 mL genomen, dat wordt verdeeld over 6 buizen die tot twee derde gevuld zijn met alcohol en een buffer. De buizen worden vervolgens geanalyseerd in het laboratorium.

Overzicht

Bodem bemonsteren

Bodem van de oever

Naast eDNA in watersamples kan eDNA ook gevonden worden in bodemsamples. Uit een veldstudie is zelfs gebleken dat de detectiekans van waterspitsmuis met een bodem sample hoger is dan de detectiekans in een watersample. Naast waterspitsmuis kan ook noordse woelmuis aangetoond worden met een bodemsample. Ondertussen is Datura bezig met een assay voor het aantonen van ringslang in een bodemsample.

Bodem van bijvoorbeeld weilanden

Naast het bemonsteren van vochtige bodem is het ook mogelijk om droge bodem te bemonsteren. Deze analyses zijn niet geschikt voor de soort-specifieke analyses maar wel voor metabarcoding -voedselweb analyses.

Sample kits

Datura levert sample kits waarmee eDNA monsters verzameld kunnen worden daarnaast heeft Datura samplingprotocollen opgesteld. In de praktijk is gebleken dat, als deze samplingprotocollen gevolgd worden, er geen contaminatie optreed en het eDNA goed geconserveerd wordt voor latere analyse.

Voor de filtratiemethode hebben wij vacuümpompen te huur en te koop. Deze pompen hebben een accu waardoor ze mee het veld in kunnen om de watermonsters op locatie te filteren. Hierdoor wordt de kans op afbraak van eDNA en contaminatie nog kleiner.