In het voorjaar van 2024 heeft Datura Environmental Solutions in opdracht van Staatsbosbeheer een eDNA-onderzoek uitgevoerd naar het voorkomen van amfibieën in twee Brabantse natuurgebieden. Hiervoor zijn op 60 verschillende locaties watermonsters van ±1000 ml verzameld. Vervolgens zijn alle monsters met metabarcoding geanalyseerd. Zo kon per monsterlocatie een soortenlijst opgesteld worden van alle aangetroffen amfibiësoorten.
Wat bleek? Binnen de twee onderzoeksgebieden is de vinpootsalamander de meest algemene soort. Dit komt waarschijnlijk door de lage zuurgraad (pH) van de voortplantingswateren. In vergelijking tot andere soorten, is de vinpootsalamander hier beter op aangepast. Op een van de locaties is de boomkikker aangetoond. Voorafgaand aan dit onderzoek was deze soort enkel bekend uit de omliggende omgeving. De heikikker en kamsalamander lijken op basis van de onderzoeksresultaten toch niet aanwezig. Voor Staatsbosbeheer heeft het onderzoek dus bruikbare informatie opgeleverd, die ze kunnen benutten om hun beheersmaatregelen te evalueren en te verbeteren.
Hoe gaat een metabarcoding-analyse nou in zijn werk? Na de bemonstering wordt het DNA geëxtraheerd, verdund en vermeerderd. Voordat het DNA uitgelezen kan worden moet het eerst met een PCR vermeerderd worden. Hiervoor maken we gebruik van een ‘primer’ die specifiek het DNA van amfibieën vermeerderd. Vervolgens wordt het DNA met Illumina sequencing uitgelezen en vergeleken met een referentiedatabase van DNA-sequenties. Daarna wordt er per monster een soortenlijst van de gedetecteerde amfibieën opgesteld. Deze soortentlijst is semi-kwantitatief. Van iedere aangetroffen soort wordt vastgesteld wat de relatieve hoeveelheid eDNA is, ten opzichte van de totale hoeveelheid gedetecteerd eDNA.
Binnen de twee onderzoeksgebieden is de vinpootsalamander de meest algemene soort
Bent u geïnteresseerd in een metabarcoding analyse?
Onze collega Lindy Kool vertelt u er
graag meer over!
0618441781