Amfibieën
Voor het monitoren of detecteren van amfibieën heeft Datura meerdere methodes. Welke methode het beste gebruikt kan worden is afhankelijk van de vraag. Voor amfibieën werkt het beste om watermonsters te verzamelen. Hiervoor is de filterkit zeer geschikt gezien amfibieën relatief makkelijk veel DNA achterlaten in het water.
Soortspecifieke analyse
Voor diverse soorten amfibieën kunnen wij een ‘simpele’ analyse uitvoeren waarbij gekeken wordt of een soort ergens aanwezig is of niet. De doorlooptijd van een soortspecifieke analyse is vier weken vanaf het moment dat een monster bij Datura in het laboratorium binnen komt. Voor volgende soorten is dit mogelijk:
- Heikikker (Rana arvalis)
- Kamsalamander (Triturus cristatus)
- Knoflookpad (Pelobatus fuscus)
- Rugstreeppad (Epiladea calamita)
- Alpenwatersalamander (Ichtyosaura alpestris)
- Boomkikker (Hyla arborea)
- Vinpootsalamander (Lissotriton helveticus)
Metabarcoding
Staat de soort waar je interesse in hebt niet in het lijstje van de soortspecifieke analyse dan is er ook nog een mogelijkheid om metabarcoding toe te passen. Met metabarcoding wordt een volledige soortenlijst gegenereerd van alle amfibieën die zich op het moment van bemonsteren in het water bevinden. Hierbij kan gedacht worden aan bijvoorbeeld de poelkikker*, maar ook de soorten van de soortspecifieke analyse zullen in de lijst voorkomen als ze aanwezig zijn. Ook is het mogelijk om meerdere metabarcoding analyses uit te voeren op één monster zodat een zeer uitgebreid beeld van het waterleven kan worden getoond. De doorlooptijd voor een metabarcoding analyse is acht weken vanaf het moment dat een monster bij het laboratorium van Datura binnenkomt.
* Belangrijk om te vermelden voor de detectie van poelkikker met een metabarcoding analyse: meerkikker en poelkikker hebben verschillend mitochondriaal DNA. Echter kan de hybride (de bastaardkikker) zowel het mitochondriale DNA van meerkikker als van poelkikker dragen. Het is daarom niet mogelijk om poelkikker en bastaardkikker van elkaar te onderscheiden op basis van eDNA. Het is wel mogelijk om met metabarcoding eDNA van poelkikker/bastaardkikker te detecteren, echter kunnen we dan niet zeker weten of het eDNA afkomstig is van poelkikker of van bastaardkikker. Als er geen eDNA van het poelkikkertype aanwezig is dan kan wel gesteld worden dat poelkikker afwezig is.
