DNA-identificatie

Datura biedt drie typen DNA identificatie aan:

• DNA barcoding als er DNA van slechts één soort in het monster aanwezig is;
• DNA metabarcoding als er (mogelijk) DNA van meerdere soorten in het sample aanwezig is;
• Soort-specifieke DNA analyse als er meerdere soorten in het sample aanwezig zijn, maar je specifiek opzoek bent naar een bepaalde soort.

DNA barcoding

Met een DNA barcoding analyse testen we van welke soort een keutel of weefselmonster afkomstig is. Deze analyse is relatief eenvoudig en resultaten kunnen we in vier weken opleveren. Wij maken hierbij gebruik van PCR en Sanger Sequencing. Een DNA barcoding analyse kan uitsluitend uitgevoerd worden als er DNA van slechts één soort in het sample aanwezig is. Als er DNA van meerdere soorten in het sample aanwezig is, dan kan het sequencing signaal in de meeste gevallen niet uitgelezen worden vanwege dubbel signaal. In dat geval kan metabarcoding gebruikt worden om een soortenlijst te genereren. We hebben primers ontwikkeld die specifiek DNA van een bepaalde soortgroep kunnen detecteren. Bij een standaardanalyse van een keutel is het dus niet erg als er DNA van prooidieren in het sample aanwezig zijn. Deze worden immers niet gedetecteerd met soortgroep-specifieke primers. Er zijn velen van dergelijk soort-groep specifieke primers voorhanden, een aantal voorbeelden van de soorten die wij in huis hebben:

• Muizen;
• Vleermuizen;
• Roofdieren;
• Marterachtigen;
• Zoogdieren algemeen;
• Vissen;
• Amfibieën;
• Ongewervelden;
• Planten.

DNA metabarcoding

Als er DNA van meerdere soorten in een sample aanwezig is, dan biedt een DNA metabarcoding analyse uitkomst. Met deze techniek testen we van welke soorten er DNA in het sample aanwezig is. Metabarcoding focust gewoonlijk op een specifieke soortgroep. Zo kan er bijvoorbeeld gedetecteerd worden van welke vleermuizen er DNA aanwezig is in een mengmonster van keutels die gevonden worden op een oude zolder. Metabarcoding is voor vrijwel elke soortgroep mogelijk. Voorbeelden van toepassingen keutels die verzameld zijn op een kerkzolder of in een vleermuiskast, zijn vaak afkomstig van meerdere soorten. De keutels kunnen samengevoegd worden tot één sample. Met een metabarcoding analyse stellen we vast van welke soorten er DNA in het mengmonster aanwezig is. Ook kan een metabarcoding analyse gebruikt worden bij een dieet analyse. Hierbij extraheren we DNA uit een keutel, of maaginhoud. Het DNA dat hierin aanwezig is, verraad welke soorten gegeten worden. Is er vraag naar wat er precies in een bepaalde diervoeding zit (denk aan visvoer) dan kan Datura ook dit met metabarcoding voor je uitzoeken. Zo weet je precies wat je jouw dier(en) voert. Ben je geïnteresseerd in insecten en doe je dit onderzoek nu grotendeels met het oog en de microscoop, denk dan ook hierbij eens aan DNA analyses. Malaisevallen en potvallen lenen zich namelijk ook perfect voor een metabarcoding analyse. Hierbij kunt je kiezen voor het opsturen van 1 insect maar ook voor meerderen. Bij het opsturen van 1 insect kan Datura deze analyse uitvoeren zonder gebruik te maken van metabarcoding maar gebruiken we DNA barcoding. Van DNA barcoding is de doorlooptijd korter en de analyse is goedkoper dan metabarcoding.

Soort-specifieke DNA analyse

Een soort-specifieke DNA analyse wordt gebruikt om DNA van een bepaalde soort aan te tonen. Ondanks dat er DNA van meerdere soorten in het sample aanwezig is, kan specifiek getest worden of er DNA van een doelsoort aanwezig is. Een soort-specifieke DNA analyse wordt met name toegepast om te testen of er DNA van noordse woelmuis in een mengmonster van woelmuiskeutels aanwezig is. Verspreid over het gebied kunnen keutels verzameld worden die mogelijk van noordse woelmuis afkomstig zijn. Wij testen vervolgens of er inderdaad DNA van noordse woelmuis in het monster aanwezig is. Het nadeel van deze methode is dat bij een negatieve detectie de oorzaak onbekend blijft. Vrijwel altijd betekend dit dat de keutels niet afkomstig waren van de doelsoort. Theoretisch kan een negatieve waarneming echter ook betekenen dat het DNA in de keutel reeds afgebroken is. Het is daarom aan te raden om minimaal twee samples te analyseren. Zodoende kan redelijkerwijs uitgesloten worden dat een negatieve detectie veroorzaakt wordt door DNA degradatie.